בהרים ובפנים הארץ היה ספטמבר בכללותו חם במעט מהממוצע. במישור החוף היו הטמפרטורות קרובות לממוצע.

בחלקו הראשון של החודש (עד ה-8-9 בו) היו הטמפרטורות ברוב האזורים גבוהות בכ-1 מ"צ מהממוצע. לאחר מכן חלה התקררות, ועד ה-18 בחודש היו הטמפרטורות נמוכות מהממוצע ב-1.0-1.5 מ"צ. ב-19-22 בחודש חלה התחממות בעיקר בהרים ובפנים הארץ, אולם ב-23-25 בחודש שוב שררו טמפרטורות נמוכות באופן יחסי. התחממות משמעותית חלה ב-26-27 בספטמבר, ועד סוף החודש שרר שרב בפנים הארץ, בעוד שבמישור החוף היה מזג האויר הביל. בהרים נמדדו 35-36 מ"צ, בעמק יזרעאל ובצפון הנגב נמדדו 37-38 מ"צ ובשקע הירדן 41-42 מ"צ. הלחות היחסית באזורים אלה היתה 10%-15%. במישור החוף נמדדו 30-32 מ"צ עם לחות יחסית של 60%-65% בשעות הצהריים, וברצועת החוף 70%-75%. בשעות הלילה ובשעות הבוקר המוקדמות הגיעה הלחות היחסית באזורים אלה ל-95% ויותר, ושרר ערפל.